A Haydneum zenei repertoárja a magyar vonatkozású barokk, bécsi klasszikus és kora romantikus zenei örökség két aspektusát egyesíti: az akkoriban Magyarországon (részben magyar származású szerzők által) komponált műveket, illetve az ország könyvtáraiban és levéltáraiban őrzött, más országokból származó 17., 18. és 19. századi zenék gazdag gyűjteményeit.


Feladatunk mindenekelőtt a korabeli, magyar területen aktív zeneszerzők műveinek katalogizálása, tanulmányozása, kiadása és előadása. E munka középpontjában jól ismert komponisták (mint Joseph és Michael Haydn, Johann Nepomuk Hummel), valamint kevésbé ismert zeneszerzők (mint Gregor Joseph Werner, Johann Georg Albrechtsberger, Istvánffy Benedek, Frédéric Kalkbrenner, Johann Sigismund Kusser, Georg Christoph Strattner, Anton Zimmermann vagy Franz Wenzel Zivilhofer) életműve áll. Ezenkívül a Haydneum kiemelten fontosnak tartja a magyar könyvtárakban és levéltárakban őrzött olasz, német, francia és angol kottagyűjtemények megismertetését; ezen kéziratok művészek és zeneművek 17., 18. és 19. századi nemzetközi kölcsönhatásairól is tanúskodnak.